1914: Milo Thatch, nieto del gran Thaddeus Thatch trabaja en la sala de calderas de un museo. Él sabe que la Atlántida era real, y puede llegar allí si tiene el misterioso diario de los Shephards, que puede guiarlo a la Atlántida. Pero necesita a alguien para financiar un viaje. Su empleador piensa que es dotty, y se niega a financiar cualquier idea loca. Regresa a su apartamento y encuentra a una mujer allí. Ella lo lleva a Preston B. Whitmore, un viejo amigo de sus abuelos. Le da el diario de los pastores, un submarino y una tripulación de 5 estrellas. Viajan a través del océano Atlántico, se enfrentan a una gran langosta llamada Leviatán y finalmente llegan a la Atlántida. Pero, ¿la tripulación del Atlantis tiene un deseo de descubrimiento, o algo más?